e-Taxは、電子化された申告書をネットワークを介して提出する仕組みだけなのですが、これが実現されることにより、
取引→記帳→申告書作成→申告の手続きが、すべてPC
上にて完結することが可能になります。

①取引証拠の保存が電子化で可能となった(納品書の控えなどが不要)
②会計システム→申告書作成→納税までがオンライン処理で完結
③取引一連に関連するものをペーパレス化
④帳票類の印刷・保管に関する省力化

あくまで「申告書の提出及び納税をオンラインで行うことを許可」という位置づけであるため、従来どおりのOCR型式申告書を用いての申告との併用が可能です。
しかし、社内会計データなどの電子化を考えれば、一度オンラインで開始したら常にその方法を取るのが便利だと思います。(OCR=緊急用という考え方が理想なのかもしれません)
Compassoのe-Tax対応
Compassoならe-Tax対応も万全です!
酒造業向けシステム『売りcom』『造りcom』では、e-Taxデータを準備するアドインソフトをご提供しております。 刻々と変わる税務行政、とりわけ改変の多い申告データ形式に対応できるようソフトもチューンナップし、最新のVer様式に完全対応しております。
勿論、今までの申告書式もフォローし、視認性と申告の容易さを保つようにしております。
【データ準備 操作スナップ】

売りcom/造りcomで作成した申告書を選択し、出力されたファイルを「e-Taxソフトウェア」
で読み込み、確認後送信をするだけです。
対応の申告データ:納税申告書/税額算出表/控除税額計算書/製成及び移出数量申告書