e-Taxは、電子化された申告書をネットワークを介して提出する仕組みだけなのですが、
これが実現されることにより、取引→記帳→申告書作成→申告
の手続きがすべてPC上にて完結することが可能になります。

e-taxは、政府のe-JAPAN構想に基づき、国税に関する申告・納税を電子化するシステムです。
元々、一部税目だけ適用されていたOCR型式の申告・納付を、全税目に適用したKSK(国税債権管理システム)も、
2000年前後にまとまったところだったのが、取引の電子化が世間で進んできたこともあいまって、このe-tax構想の実現が進み、
2003年からは名古屋国税局管内を中心に運用テストがはじまりました。
従来、電子帳票保存法などの法律があり、帳票の電子化は、税務署長の承認において可能であったが、しかし2005年4月より
電子文書法が制定され取引に係るものを電子化して保存することが可能となり、その影響を受けて、電子帳票保存法も改訂
されました。
(基本的に国税の場合は電子帳票保存法を適用することとし必要な帳票類の保管は、やはり承認手続きが必要です)

①取引証拠の保存が電子化で可能となった(納品書の控えなどが不要)
②会計システム→申告書作成→納税までがオンライン処理で完結
③取引一連に関連するものをペーパレス化
④帳票類の印刷・保管に関する省力化
しかし①に関して契約書などは、取引存在の重要性から電子化は認められておらず、領収書でも3万円を超えるものに
関しては従来どおりの保管義務が必要です。
いずれにしても申告書作成の時間・提出労力などを考えると、社内で完結できるのは担当者にとって非常にありがたい
ことですね。

あくまで「申告書の提出及び納税をオンラインで行うことを許可」という位置づけであるため、従来どおりのOCR型式申告書を
用いての申告との併用が可能です。
しかし、社内会計データなどの電子化を考えれば、一度オンラインで開始したら常にその方法を取るのが便利だと思います。
(OCR=緊急用という考え方が理想なのかもしれません)